Репликация хороший выход.
>только после а не во время
Делается командами start slave, stop slave
Для файлов rsync.
Если синхронизация разовая, т.е. один раз после обновления данных можно воспользоваться инструментом из комплекта Maatkit, а если позволительно отключение временное обоих баз, синхронизация файлов БД или перелить с помощью mysqldump