А зачем вообще внутри контейнера делать virtual environments?
Ты взял образ python:3.9-alpine, т.е. у тебя внутри уже стоит python.
Потом
WORKDIR /app
Копируем requirements.txt в папку /app
COPY requirements.txt requirements.txt
Устанавливаем пакеты
RUN pip3 install -r requirements.txt

Потом копируем все стальное что нужно в папку /app
И потом запуск CMD