Дело в том, что вы старательно пытаетесь игнорировать тот факт, что в требованиях пришли к single page application на JS. И пробуете найти какой-то подход, который оставит вас в рамках текущей парадигмы разработки.
А решения уже придуманы давно и их очень много, можно выбирать на любой вкус. И все он заключаются в том, что на сервере шаблонизации нет вообще - там только данные.
Все взаимодействие с фронтом через REST API.
Единственное, что может вызвать проблему в этом случае - индексация такого приложения браузером. Но и тут есть решение, требующее минимального вмешательства в код сервера - вы просто делаете снэпшоты страницы, требующих индексации, например с помощью PhantomJS, после чего отдаете их как статику с сервера при запросе от бота.
