Как я понял предполагается инжекция css + js в результирующий html.
Смысла я в этом не вижу. Сжатие и объединение файлов полезно для уменьшения количества запросов и уменьшения размера. И сохраняется возможность его брать из кэша, при повторном обращении.
Если у вас на всех страницах он будет в теле страницы, то этот объём будет каждый раз загружаться.
Если у вас single-page application, то тут по сути можно и так сделать, но зачем не нахожу плюсов.
Сейчас есть http2/spdy и можно вообще хоть и немного но расслабиться.
А так в целом, gulp и сжатие отдельно css вендоров и свои, js вендоров и свои.
Свои собираете когда что-то правите, файлы вендоров когда обновляются библиотеки.
Некоторые библиотеки(jQuery) рекомендуется брать из общих CDN, есть большая вероятность что они уже будут в кэше и по сути все будет моментально.