berikonel

Автор, данная функция делает подсчёт только в корзине. Для того что бы получить выбранный метод оплаты нужно цепляться к хукам относящиеся к оформлению заказа (т.е. checkout).
Как вариант можно использовать этот хук woocommerce_after_calculate_totals
Пример использования такой:

add_action( 'woocommerce_after_calculate_totals', 'custom_fee_for_paypal' );

function custom_fee_for_paypal( $cart ) {
//проверяем это страница оформления заказа или нет
 if ( is_checkout() || defined('WOOCOMMERCE_CHECKOUT') ) {
  //получаем выбранный метод оплаты
  $patment_method = WC()->session->get( 'chosen_payment_method' );
  //Если выбранный метод равен paypal то идём дальше
   if( $patment_method == 'paypal' ) {
    $percentage = 0.14;
    //Получаем значение суммы надбавки за пайпел
    $surcharge = ( $cart->cart_contents_total + $cart->shipping_total ) * $percentage;
    //Добавляем надбавку
     $cart->add_fee( 'Комиссия за PayPal ', $surcharge, true, '' );
  }
 }
}

Я этот код написал только что "на коленке", так что он не претендует на истину. Если что то не будет работать в этом коде, то подумайте почему.