$this->get('doctrine.orm.entity_manager')->flush();
6) EntityManager должен использоваться исключительно в репозитории и наружу гулять не должен. Все что касается доктрины должно быть изолировано от вашей логики. В этом самый большой плюс доктрины (абстракция от хранилища) и почему-то мало кто этим плюсом пользуется, толку тогда от доктрины....
все равно спасибо