Bepack Green

Вариантов может быть несколько.
Через модуль.
например есть какой-то модуль. Пусть он установлен или через composer или вручную в приложение.
В конфигурационном файле надо прописать подключение этого модуля.
Например так

'modules' => [
        'support' => [
            'class' => ModuleTicket::class,
           // далее могут быть настройки самого модуля.
        ],
    ],

В самом модуле есть файл ModuleTicket.php и Bootstrap.php
Сам Bootstrap.php может выглядеть так

class Bootstrap implements BootstrapInterface
{
    /**
     * @inheritdoc
     */
    public function bootstrap($app)
    {
        if ($app->hasModule('support') && ($module = $app->getModule('support')) instanceof ModuleTicket) {

            $app->urlManager->addRules(
                [
                    '<_m:support>/new-ticket' => '<_m>/ticket/create',
                    '<_m:support>/<id:\w+>' => '<_m>/ticket/view',
                    '<_m:support>' => '<_m>/ticket/index',
                ]
            );

            if (!$app->has($this->getModule()->queueComponent)) {
                $app->set($this->getModule()->queueComponent, [
                    'class' => Queue::class,
                    'handle' => true, // whether tasks should be executed immediately
                ]);
            }
        }

        // Add module I18N category.
        if (!isset($app->i18n->translations['slo-nik/*'])) {
            $app->i18n->translations['slo-nik/*'] = [
                'class' => PhpMessageSource::class,

            ];
        }
    }
}

Тут настраиваются и очереди и urlManager и переводы модуля. Всё налету и по условиям может быть настроено.
Можно настроить через компонент
В конфигурационном файле приложения, в секции 'components' подключаете свой компонент.

'siteSettings' => [
        'class' => SiteSettings::class
      ],

Все данные для настройки сайта у Вас хранятся в базе данных. Например, настройки smtp у Вас в базе.
Как подключить свои настройки для mailer в yii?
Вот так

'mailer'       => function () {
        return Yii::createObject([
          'class'            => 'yii\swiftmailer\Mailer',
          'useFileTransport' => true,

          'transport'     => [
            'class'      => 'Swift_SmtpTransport',
            'host'       => Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_HOST'),
            'port'       => Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_PORT'),
            'username'   => Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_USER'),
            'password'   => Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_PASS'),
            'encryption' => Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_ENCR')
          ],
          'messageConfig' => [
            'to'   => [ Yii::$app->siteSettings->get('SITE.EMAIL_ADMIN') ],
            'from' => [ Yii::$app->siteSettings->get('SITE.MAIL_USER') ]
          ]
        ]);

Все данные берутся из базы.
В общем тут можно по разному действовать.
Вот тут создаётся магазин на примере yii2. И в этом же мастер-классе рассказано, как работать с контейнером зависимостей.
Ну а компонент настроек сайта делайте по примеру этой статьи. Статья для первой версии yii, но переделать для второй версии не составит труда.