Это значит, что вы используете внутренний метод библиотеки, который не должен использоваться нигде, кроме самой библиотеки. Из этого вытекает, что для большинства задач у Вас есть публичные методы, которые вы и должны использовать( смотрите ответ
Сергей Сенкевич)
Что касается вашего вопроса "Как правильно использовать doctrine DBAL?" могу ответить точно: dbal переводится как абстрактный уровень базы данных, а вы фигачите в него нативные sql запросы... зачем тогда исопльзовать dbal?....
Почитайте доки/примеры по doctrine2 и жизнь станет гораздо проще.
