1) Не надо править движок
2) Используй системы контроля версий (выше упомянутый git, например)
3) Чтобы получить список всех изменений на текущий момент до внедрения контроля версий - можно либо использовать софт для поиска изменений (WinMerge, например). Или, например, взять за основу изначальную версию движка, инициализировать git, накатить измененную версию движка и закоммитить изменения....
4) А вообще смотри пункт 1
