Сергей

Если вы работате в SSH в Linux то у клиента есть настройка:

Host *
ServerAliveInterval 300
ServerAliveCountMax 2

Быстрая гуглежка показало: https://patrickmn.com/aside/how-to-keep-alive-ssh-...

Вы используете разные конфиги php.ini

посмотрите /etc/php5/php.ini там включите ssh2 библиотеку.

вам вместо:
./Yandex.Disk
следует написать:
~/Yandex.Disk

тогда файл скачает в домашнюю директорию (/root)

можно просто в .ssh/config прописать алиас с указанием конкретного ключа. И использовать именно этот алиас при коннекте.