но давая фрилансеру, например, root доступ к серверу где хостится несколько проектов…
Вот я бы на самом деле, на одном сервере, если бы держал несколько проектов, держал каждый в своём отдельном окружении. Технологий виртуализации придумана масса от jail,chroot до...OpenVZ…
Настроить один раз — и больше не трогать, а доступ давать только к отдельным проектам…