Добрый день. Ничего просто так не происходит:
1) Вспомните в какой момент времени вы впервые обнаружили проблему. А теперь вспомните, какие работы проводились в этот момент времени ?
2) Следите за периодичностью возникновения проблемы. Если проблемы возникают со стабильной периодичностью (например раз в сутки в полночь) - это зацепка, ищите, что происходит в системе в это время (к примеру по крону запускается какой-то процесс).
3) "Отсекай лишнее". Это долго, делать после пункта 1,2. Если о полноценном работоспособности сервиса сейчас говорить не приходится, тогда последовательно выключайте все ваши сервисы пока проблема не исчезнет.
Так Вам удастся определить проблему, а это уже полдела.