1) Дайте команду, которую запускаете ?
2) "ERROR: frame= 2" Ошибка на втором кадре ? А что если попробовать другой файл того же формата сконвертировать, получится ? Если да, то дело в исходном файле.
3) Вот здесь могу ошибаться: у ffmpeg есть опция -v debug для вывода более подробной информации. Запустите команду с ней, возможно определите причину ошибки