Можно в одной репе держать все в одной репе.
можно и в разных и включать их как подмодули https://git-scm.com/book/ru/v2/%D0%98%D0%BD%D1%81%...
Если вы работаете один то особо парится не надо и храните в одной репе и разделить когда формат работы изменится.