Все верно, обратите внимание на cipher.
В первом случае используется * SSL connection using ECDHE-RSA-AES128-GCM-SHA256
Во втором случае используется * SSL connection using ECDHE-RSA-AES256-GCM-SHA384
Проблема в том, что ребята изменили дефолтовый cipher. О чем упомянули в чейнджлоге:
https://github.com/nodejs/node/blob/v4.1.1/CHANGEL...
Ваша проблема решается установкой параметра ciphers в опциях, при создании сервера https.createServer
ciphers: A string describing the ciphers to use or exclude, separated by :
Более подробно можете посмотреть тут:
https://github.com/nodejs/node/pull/826 