All in one WP security . Установите этот плагин, он отслеживает изменения файлов на вашем сайте и присылает на почту уведомления. Так вы сможете отследить, если были залиты shell скрипты, или прописан вредоносный код в какие-либо файлы вашего сайта.
Так же, можете запихнуть в крон эту команду:
date >> /home/username/shells_find_log.txt; find /home/username/www/ -name "*.php" -type f | xargs grep -l "eval(base64_decode(" >> /home/username/shells_find_log.txt && echo "[END]" >> /home/username/shells_find_log.txt
, будет искать типовые eval() строки в новых файлах и скидывать их названия в файл shells_find_log.txt.