Можно в глобальной конфиге php прописать mbstring.func_overload=0, а для сайта в конфиге Apache (если не nginx) прописать php_admin_value mbstring.func_overload 2 и в вашем приложении исполнять код для которого нужна настройка mbstring.func_overload=0 из под php при помощи функции exec();

Мы так сделали сборку одного pdf-файла из нескольких pdf-файлов на Битрикс с использованием библиотеки mPDF, которая в свою очеред использует FPDF.