Юрий MikroTik

1. Сделать явно разрешающее правило до tcp:443 на адрес QNAP
2. Если правило срабатывает и открывается - починено!
3. Если правило срабатывает и не открывается - ковырять Firewall QNAP (как мегакостыль можно сделать NAT в сторону QNAP, чтобы он думал что обращение идет с его сети.)
4. Если правило не срабатывает - искать где теряется трафик
5. Возможен косяк с MTU на туннеле.

Как вариант сменить тип диска на vm с sata на scsi (предварительно установив драйвера из virtio)

Внутри L2 идет общение по мак адресам напрямую.
Вам либо дробить сеть на Vlan, либо делать firewall на самих VM.

На коммутаторах разрешены данные тэги Vlan?

Растягивание L2 это не правильное планирование всего что можно.

Но если очень хочется:
Меняем /24 на /22
Тем самым каждая локация становится со своей /24, но /22 домене
Блокируем DHCP между сетями

EoIP подымаем между Lo интерфейсами OSPF и бриджуем в сеть.

По такой схеме EoIP работает поверх wireguard +маршрутизация Lo интерфейсов отрабатывает как нужно.

Proxmox Virtual Environment (Proxmox VE) — система виртуализации с открытым исходным кодом, основанная на Debian GNU/Linux.

Поставить виртуальный маршрутизатор. Pfsense, VyOS, CHR или что-то аналогичное и управлять сетью через него.

Для SCSI нужно драйвер VirtIO