В идеале все таки поместить на виртуалку,
Как пример построения системы.
Делаем саму систему и скрипты нужным объемом, 20-40Гб хранилище.
Логи и всю динамическую часть системы выносим в отдельное хранилище, в идеале iSCSI.
Раз в неделю или после кардинальных изменений делаем полный бекап контейнера на резервный сервер с виртуальными машинами.
В случае отказа основной, этот контейнер запускаем на резерве. Этот процесс так же можно автоматизировать.