Нужно вообще не хранить сами конфигурационные файлы в репозитории, а хранить там примеры конфигов.
Например ваш реальный конфиг должен размещаться по пути includes/config.php. Тогда:
1. в репозиторий добавляете файл includes/config.php-distr, который содержит структуру, настройки по-умолчанию, но не содержит никаких паролей и т.п.;
2. путем копирования includes/config.php-distr в includes/config.php и последующего редактирования с вводом паролей и т.п. создаете реальный конфиг. Чтобы он не оказался в репозитории, заносите его в .git/info/exclude.
3. в документацию по разворачиванию репозитория добавляете абзац про создание конфига путем копирования примера с последующей корректировкой.
Если надо что-то изменить в примере конфига — правите includes/config.php-distr и коммитите. Следом руками правите в includes/config.php, но в коммиты это не попадает.