Воспользоваться сервисом FlashCall. Например
у нас.
Мессенджерах есть сложности с покрытием всех пользователей + более сложная интеграция.
Для подтверждения номеров лучше воспользоваться либо смс, либо flashcall (в каскаде с смс), но flashcall - значительно дешевле смс.