В итоге решение оказалось достаточно простое (даже при условии что шаблон костыльный).
Нужно воспользоваться решением с выводом умного фильтра в любом месте на странице.
Код который нужно вставить перед комплексным компонентом который содержит вывод товаров (в моем случае это news.list)
<? ob_start();
$APPLICATION->IncludeComponent(
"bitrix:catalog.smart.filter",
"",
array(
......
"SECTION_ID" => $_REQUEST["SECTION_ID"],///передать id раздела в умный фильтр
......
),
$component,
array('HIDE_ICONS' => 'Y')
);
$GLOBALS['smart_filter'] = ob_get_contents();
ob_end_clean();
?>
После чего нужно добавить этот код в нужном месте шаблона компонента
<?=$GLOBALS['smart_filter']?>
Данное решение работает на любом шаблоне (лично я проверил на трех разных)
