При такой постановке вопроса

Необходимо аннотировать все классы @BeforeClass и @AfterClass, которые будут выполнять свои определённые действия.

Вы сделали все правильно - через наследование.

Проблема в том, что аннотации @BeforeClass и @AfterClass выполняются перед запуском каждого вызванного класса грэдлом.

Это не проблема, это ожидаемая функциональность этих аннотаций.

Если вы хотите чтобы какой-то кусок кода выполнялся один раз перед/после нескольких тесовых классов, можно использовать @SuiteClasses({Test1.class, Test2.class}) (см. пример на стековерфлоу)