Вы правы! Visual Studio Schema Comparer создает новую таблицу, с измененным типом столбца, переносит туда данные, затем удаляет старую таблицу, переименовывает новую и заново добавляет все индексы и все констрейнты. Лучшим решением будет писать скрипты обновления схемы самому.
