Напишите в тех поддержку вашего плагина.
Можно попробовать другой плагин
https://woocommerce.com/products/product-filters/
Там при создании элементов (checkbox list, radio list, drop down list или другие) есть опция "Action for empty options" в ней выбрать пункт "hide" или "mark as disabled" (в этом случае появится прозрачность на элементе).
