Если верить документации (http://www.vtk.org/Wiki/CMake:How_To_Write_Platform_Checks), то надо делать как-то так:

CHECK_INCLUDE_FILES("sys/types.h;resolv.conf" HAVE_RESOLV_CONF)

Для более сложных вещей (например, не просто включения других инклудов до) надо будет писать уже свой модуль для cmake'а… Ну, кроме того есть и переменная CMAKE_EXTRA_INCLUDE_FILES.