Индексы в Монге — тоже что и вдругих БД — упорядоченное поле.
Почему по ним проще искать? Возьмите две колоды карт, в одной пусть карты идут масть к масти по порядку, а другую растасуйте. Возьмите секундомер и попросите двух друзей найти даму треф, каждый в своей колоде. Результатами поделитесь в комментариях.
Много индексов конечно вам никто не запретит, сначала даже кажется что это самое логичное. Но потом вы заметите, что при удалении/добавлении элементов в коллекции, надо перестраивать индексы, а это довольно ресурсоёмкая операция. Так что индексы нужны только там, где вы действительно часто ищете.