Логика вашей проверки мне не ясна. Сначала вы строку переводите в нижний регистр, а потом сравниваете ее со строкой, которая начинается с большой буквы. Много if,elif, и else конструкций - это плохо. Я бы заменил их все словарём.
Например, так:
from covid import Covid
import telebot
import config
bot = telebot.TeleBot(config.TOKEN)
covid = Covid()
country = { 'сша':'Us',
      'украина':'Ukraine',
      'россия':'Russia',
      'беларусь':'Belarus',
      'казахстан':'Kazakhstan',
      'италия':'Italy',
      'франция':'France',
      'германия':'Germany',
      'япония':'Japan',
      }
@bot.message_handler(commands=['start', 'help'])
def send_welcome(message):
  bot.reply_to(message, "Начнем")
@bot.message_handler(content_types=['text'])
def start(message):
  get_message_bot = message.text.strip().lower()
  location = covid.get_status_by_country_name(country.get(get_message_bot,'russia'))
  final_message = f"<u>Данные по стране:</u>\n<b>Заболевших: </b>{location['confirmed']:,}\n<b>Умерших: </b>{location['deaths']:,}\n<b>Выздоровевших: </b>{location['recovered']:,}\n<b>Болеющих: </b>{location['active']:,}"
  bot.send_message(message.chat.id, final_message, parse_mode='html')
bot.polling(none_stop=True)
Посмотрим на строку:
location = covid.get_status_by_country_name(country.get(get_message_bot,'russia'))
country.get(get_message_bot,'russia') - здесь пытаемся получить значение словаря по ключу. В качестве ключа передаем строку, которую получили от пользователя. Если в словаре country есть 
элемент с ключом, тогда возвращаем значение элемента по ключу, а передаем это значение в метод 
get_status_by_country_name. Если в словаре нет такого ключа, тогда возвращаем стандартное значение(в нашем случае это - 'russia') и передаем его в метод get_status_by_country_name.
Еще можно пойти дальше. Словарь стран хранить в файле.(Вообще не принято такие значения хардкорить в коде.) 
Также изобрели величайшее изобретение отладки - функцию print) Особенно полезно, если кодить в sublime или в блокноте. Можно выводить на консоль значение переменных, и понимать что в них хранится.
От себя добавлю совет - все функции, которые исполузуются в боте(которым не нужен telegram api) писать и отлаживать в отдельном файле в простом скрипте. А потом, когда отладите - интегрируйте в свой бот. Ведь намного проще в функцию передать значение из своего скрипта, и посмотреть на выход, чем запустить бота, открыть телеграм, написать боту и т.д.