Как и ответили выше,если хотите чистый sql-запрос можно писать и в jdbcTemplate.NativeQuery нужен когда не хватает возможностей JPQL. Насколько я знаю методами repository(без sql запроса) можно получить объект и списки объектов,так что в этом случае без запроса не обойтись.