Если я не ошибаюсь, профиль Хрома (где все данные в том числе пароли) лежит в -
C:\Users\XXXXXX\AppData\Local\Google\Chrome
Лучше это копировать, иначе есть вероятность обратной несовместимости...
Есть возможность хранить Профиль Chrome (Skype и FireFox) на криптоконтейнере Rohos Mini Drive -
www.rohos.ru/2012/02/google-encryption
Эта утилита автоматически прикрепляет профиль куда надо. и к тому же все зашифровано.