Попробуй поменять канал на физически другой, это могут быть сетевые проблемы.
Попробуй включить флаг GIT_TRACE_PACKET.
Попробуй поработать с другим репозиторием, в котором заведомо нет проблемных файлов.
Попробуй поработать с этим репозиторием на другом компьютере.