Может вам использовать ASP Net Identity или Membership? Можете также посмотреть в исходниках Simple Membersip Provider как осуществляется кодирование паролей
aspnetwebstack.codeplex.com/SourceControl/changese...
там используется Crypto API который вы можете с успехом использовать вместо самостоятельного кодирования. Crypto.HashPassword
msdn.microsoft.com/ru-ru/library/system.web.helper... пароль при этом автоматически солится.