Собственно, это ведь особенность конструкции DNS - есть один первичный сервер, на который вносятся изменения, а он уже раскидывает их по вторичным серверам. На Windows DNS зоны хранятся, по умолчанию, в LDAP и репликация там происходит чуть по другому механизму - DFS. Может быть у Вас по этой причине и нет вопросов с репликацией.
