Виталий Архипов

В общем, правильный вариант сложный, требует учитывать много деталей (подробнее по ссылкам из вопроса).
Для двух элементов можно воспользоваться функцией document.elementFromPoint.

Как то так:

function isElementOver(el1: HTMLElement, el2: HTMLElement) {
    const rect1 = el1.getBoundingClientRect();
    const rect2 = el2.getBoundingClientRect();
    const left = Math.max(rect1.left, rect2.left);
    const top = Math.min(rect2.top, rect1.top);
    const right = Math.min(rect2.right, rect1.right);
    const bottom = Math.max(rect2.bottom, rect1.bottom);
    const width = right - left;
    const height = bottom - top;
    if (width < 0 || height < 0) {
        return false;
    }
    const el = document.elementFromPoint(left + width / 2, top + height / 2) as HTMLElement;
    if (el === el1) {
        return true;
    } else if (el === el2) {
        return false;
    } else {
        return null;
    }
}

1) Возможно ли задать значение переменной на JAVASCRIPT навсегда (даже звучит глупо, но вдруг)

Возможно, достаточно использовать инструкцию const.

const a = "Hello";
a = "Bye"; // error

2) Можно ли навсегда подкорректировать код HTML через JS-файл.

Доступа к файловой системе из песочницы JavaScript в браузере - нет. Но вы можете использовать Local Storage.

localStorage.result= '...';
console.log(localStorage.result);

Если iframe находится на том же домене, то он может общаться с главным окном напрямую.
Псевдокод:

file.onload = ()=>{ // после загрузки файла
    parent.fileReady(); // вызываем функцию у родительского окна
};