Посмотрите в сторону того, как, например, хостинговые компании платят отчисления в виде реферальных вознаграждений физикам. Обычно это договор, при этом компания платит все взносы сама: соц страхование, пенсионные и удерживает 13% ндфл. Суть та же, платят они судя по всему через бухгалтерию с р/с.