Проектирование и прототипирование должны предшествовать открытию фотошопа.
Прототипировать можно как на бумаге, так и с помощью софта.
Не наметив цели, вы не сможете выбрать верный путь. Прототип — это постановка цели.
Вы должны понимать, что главное — это не красиво, а удобно. Промо-сайты — исключение, но и там удобство должно присутствовать.
Если же начать работу сразу с фотошопа, то вы будете по 10 раз переделывать одни и те же элементы, меняя их местами и т.д. И вы потратите гораздо больше времени на макет, чем если бы вы имели на руках прототип будущего макета.