Если пользователь выбирает цвет во фронте, то и менять надо что-то во фронте, нормальных варианта два: добавлять/менять класс в теге
<body> или менять переменную в псевдоклассе
:root
У меня есть подобный проект, где пользователь может поменять некоторые стили сайта во фронте, покликать можно
тут 
