Для фильтрации запроса терминов надо использовать фильтр
pre_get_terms
function wc_custom_sort_get_terms_args( $args, $taxonomies ) {
if ( isset( $taxonomies[ 'product_cat' ] ) ) {
$args['exclude'] = [5,6,7];
}
return $args;
}
add_filter( 'get_terms_args', 'wc_custom_sort_get_terms_args', 10, 2 );