Сначала пишем:
git filter-branch --force --index-filter \
'git rm --cached --ignore-unmatch myfile' \
--prune-empty --tag-name-filter cat -- --all
myfile заменяем на название файла который нужно удалить из репы. Затем:
git push origin --force --all
git push origin --force --tags
Взято с ресурса:
fkn.ktu10.com/?q=node/9739 