Windows и Ubuntu Server одновременно на одном компьютере?

А вы не ставьте VirtualBox 4. Я использую 3-ю и всем доволен. Основная ОС Win7, на виртуалке Debian Lenny с выходом в сеть. Запуск из save state очень быстрый, работа стабильная уже около года.

Транзакции, инкрементирование и MySQL UPDATE

вы наверное хотели сказать «теряется смысл транзакций»