Код Фано предназначен для передачи сообщений. То есть мы можем получать закодированное сообщение и в процессе раскодировать. В Вашем случае, мы вначале должны принять сообщение, проанализировать, не сливаются ли коды и только потом раскодировать. То есть мы получаем часть сообщения 00 - видим что оно отвечает коду в нашей таблице и сразу переводим. Не дожидаясь, вдруг дальше получиться 001 и оно тоже есть в таблице (тогда вы просто некорректно ее составили).
Вы правы, с вики "Коды Шеннона — Фано префиксные, то есть никакое кодовое слово не является префиксом любого другого". 00 - префикс для буквы с кодом 000111.