А разве тут не объясняют:
https://hexo.io/docs/templates.html ?
В папке themes есть папка layot, в ней файл layout.ejs в который подключаются основная конструкция, дальше все происходите в <%- body %> куда уже в зависимости от подпапки из source включаются остальные файлы из папки layout
ЗЫ: это если я правильно понял, при беглом просмотре.
