Fancybox3 глюк?

Также, так как owl carousel клонирует элементы для своих нужд, fancybox показывает неправильное количество слайдов (в 2 раза больше). Поэтому нужно инициализировать его вручную и передать селектор, чтобы исключить элементы-клоны. Что-то вроде:

$().fancybox({
  selector : '.owl-item:not(.cloned) a',
  // ...
  // другие опции
});

Подробнее смотрите на их гитхабе.

Fancybox3 глюк?

Попробуйте обновить jquery до 3.2.1. Если нет возможности, можно воспользоваться таким хаком:

$(document).on('afterShow.fb', function() { $.fancybox.getInstance().update() })