Вы запускаете приложение (именно java приложение) и устанавливаете ему хендлер, который видимо и отрабатывается при получении запросов. В случае же деплоя в контейнер ваш код по установке хендлера не будет выполнятся и соответственно вы и получаете текущее поведение. У вас 2 пути:
1. запускать ваше приложение как приложение java (java -jar ...)
2. в конфиге сервера прописывать ваш хендлер
