при установке рядом с виндой, кали просто отрезает кусок диска и создает свой раздел, куда и устанавливается.
видимо, она отрезала кусок от раздела с виндой, поэтому там стало меньше места. это нормальное поведение.
но почему не работает Кали и граб, это конечно вопрос.
если винда работает, а нужно все же чтобы еще и кали заработала, есть вариант заново устанавливать кали. только теперь нужно выбирать ручную разметку и ставить кали поверх той, что криво стала