Чтобы клонировать репозиторий в нужною папку на шаге 3, до этого, на втором шаге, нужно перейти в эту папку в терминале. Для этого есть команда cd - change directory
У ас даже дан пример это команды.
cd /var/www
для того, чтобы понять в какую папку у вам нужно перейти, вы должны знать, какой вебсервер у вас установлен и где в этом сервере папка, в которой должны находиться сайты.
Для macos и apache это /Library/WebServer/Documents
для других серверов это другие папки
