Есть как минимум два варианта, правильный со всех сторон -- git revert <идентификатор коммита>. Коммит останется в истории, и добавится ещё один коммит отменяющий его.
Второй вариант -- переписать историю с помощью git rebase -i, но если у вас там мёрж, то результат будет плохим.
