Нужно его разбить на части, так, как он когда-то собирался кем-то.
имеет много общего с "изменить работу программы, не имея исходников" (ведь ее кто же из них собрал).
Не то, чтобы невозможно. Но несколько сложнее чем может представляться.
obj - файл это просто набор координат полигонов. Никакой информации о составных частях изделия в нем нет.
Для вашей задачи кмк оптимально импортировать его в какой-нибудь cad (solidworks, например) и
фактически спроектировать его с нуля, обводя внешние контуры.
CAD более приспособлен для всяческих инженерно-механических штук (типа движения затвора), чем 3d-редактор.