anton13ms

Получилась в итоге вот такая команда)
zabbix_agentd -t "system.test" -c "C:\Program Files\Zabbix Agent\zabbix_agentd.conf"
Но странно, вроде бы это стандартный путь для conf файла...

Разобрался, ноль нужно было выставить в "интервале обновления", тогда применяются остальные настройки.

В итоге, решил уставить именно на самостоятельно установленный и настроенный Debian, так как вижу для себя два плюса:
1. То что дебиан все таки более надежный и стабильный, чем Ubuntu, а это важно для серверной ОС.
2. Установка с ноля, позволит изначально настроить ОС так как вы считаете нужным и потом не придется все переделывать...