Мне кажется вы путаете компиляцию и выполнение. Судя по всему rsp файл вы создали правильно, смогли собрать проект, но при выполнении получили исключение FileNotFoundException.

Т.е. еще раз: компилятор все ссылки нашел и смог собрать проект. Ничего в параметрах csc.exe менять не надо.

У вас возникает другая проблема - во время работы программы .net пытается разрешить зависимость и не может найти этот файл. А .net всегда ищет сборку либо в GAC, либо в папке с программой. Изменить это поведение можно лишь двумя способами:
1. Создать config файл, в котором указать путь к папке, откуда загружать зависимости (через элемент codeBase)
2. В программе указать свой код для разрешения зависимостей. Т.е. указать обработчик, который будет загружать сборку самостоятельно. Подробности тут.

Ну и всегда можно сборку просто в GAC положить.